Дует из короба, который закрывает стояк канализации и вен шахты. На кухне очень сильно, в туалете еле заметно но тоже дует. Кто нибудь сталкивался с этим, и как решить эту проблему при готовом ремонте?

У нас так же

Когда поставите вытяжку, там должен быть обратный клапан, который должен препятствовать вдуванию воздуха извне.
Также может быть что вентиляционный короб каким-то образом заблокирован ниже по стояку, и воздух снизу и вниз просто не может пройти, поэтому когда тяга снаружи, дует в первую квартиру на пути - в вашу.